InDesign CS6でPDFX-1aを書き出した際に、一部データが抜けて書き出された。

     InDesign CS6で印刷用にPDF（X-1a）を書き出した際に、配置しているIllustrator CS6のデータを配置していたのですが、一部の配置していたIllustratorのデータが抜けて書き出しされていました。再度、書き出しをするときちんと書き出しはできていたのですが、 原因が分かりません。

印刷をした後に気付くと取り返しの付かないことになるので、困ります。

原因と対処方、チェック方法などご存知の方がいれば教えていただけると助かります。

よろしくお願いします。